Thermo Scientific™ AarI (2 U/μl)

5'...C A C C T G C (N)₄▵...3'

3'...G T G G A C G (N)₈▵...5'

Conditions pour une activité à 100 % :

• [Tampon Aarl 1X] + oligonucléotide :
• [Propane Bis-Tris-HCl 10 mM (pH 6,5 à 37°C), MgCl₂ 10 mM, KCl 100 mM, BSA 0,1 mg/ml] + 0,5 μM d’oligonucléotide (voir remarque)
• Laissez incuber à 37°C

Tampon de stockage :

• AarI est fournie sous la forme suivante :
• Phosphate de potassium 10 mM (pH 7,4 à 25°C), KCl 100 mM, EDTA 1 mM, DTT 1 mM, BSA 0,2 mg/ml et glycérol 50 % (v/v)

Ligature et reclivage :

• Après une digestion en excès de 10 fois avec Aarl, plus de 95 % des fragments d’ADN peuvent être ligaturés et recoupés

Effets de méthylation :

• Dam : ne se chevauche jamais ; aucun effet
• Dcm : ne se chevauche jamais — aucun effet
• CpG : possibilité de chevauchement ; clivage affecté
• EcoKI : ne se chevauche jamais ; aucun effet
• EcoBI : possibilité de chevauchement — effet non déterminé

Digestion de l’ADN incorporé à l’agarose :

• Au moins 5 unités de l’enzyme sont nécessaires pour une digestion complète d’1 μg d’ADN Lambda intégré à de l’agarose en 16 heures

Remarque :

Au moins deux copies de la séquence de reconnaissance de l’AarI sont nécessaires pour le clivage. L’ajout de 0,5 μM d’oligonucléotide avec la séquence de reconnaissance AarI dans le mélange de réaction améliore significativement le clivage des ADN, en particulier ceux disposant d’un seul site AarI. Il est cependant difficile d’obtenir un clivage complet de certains substrats avec l’AarI. Une digestion en excès de 10 fois avec AarI peut induire une activité Star. L’AarI peut rester associée à l’ADN clivé. Cela peut provoquer un décalage de la bande d’ADN pendant l’électrophorèse. Pour éviter de voir des bandes d’ADN atypiques, utilisez le colorant de charge d’ADN 6X et une solution SDS pour la préparation des échantillons, ou chauffez l’ADN digéré en présence de SDS avant l’électrophorèse.