Thermo Scientific™ Mass Spectrometry Cleavable Crosslinkers

Description

La réticulation chimique en association avec la spectrométrie de masse est une méthode performante pour améliorer la caractérisation des protéines et l’identification des interactions protéine-protéine. Cette méthode a été appliquée aux complexes de protéines recombinantes et natives, et plus récemment, aux lysats cellulaires entiers ou aux organismes unicellulaires intacts dans le but d’identifier les interactions protéine-protéine sur une échelle globale. L’amélioration la plus récente de la clivabilité dans le DSSO et la DSBU a amélioré la compatibilité avec la MS et la sensibilité de détection des peptides et protéines réticulés.

• Ester NHS hautement réactif (aux deux extrémités) avec amines primaires
• Clivables par MS par dissociation induit par collision (CID)
• Réactifs cristallins de haute pureté pour la caractérisation de la structure et de l’interaction des protéines
• Membrane-semi-perméable, permettant la réticulation intracellulaire
• Insoluble dans l’eau (dissoudre tout d’abord dans du diméthylformamide (DMF) ou du DMSO)

Le DSSO (disuccinimidylsulfoxyde) et le DSBU (urée dibutyrique disuccinimidyl) (ou BuUrBU) sont à la fois des agents de réticulation semi-perméables à la membrane et clivables par MS qui contiennent un ester de N-hydroxysuccinimide (NHS) réactif aux amines à chaque extrémité d’un bras espaceur de 7 carbones (DSSO) ou d’un bras espaceur de 11 atomes (DSBU). Les deux réticules présentent une réactivité similaire au DSS mais contiennent une fonctionnalité clivable dans la région du liant, qui permet le clivage en phase gazeuse à l’aide d’une dissociation induite par collision (CID) pendant la fragmentation en MS tandem (MS/MS). Le clivage par MS du DSSO ou de la DSBU génère des doublets d’ions diagnostiques pendant la MS2, ce qui distingue l’identification des peptides réticulés des modifications terminales. Les fragments de peptides réticulés sont ensuite identifiés à l’aide du logiciel MeroX ou XlinkX. Pour la DSSO, le clivage des peptides réticulés pendant la MS/MS permet des méthodes d’acquisition MS3, qui facilitent davantage le séquençage des peptides à l’aide de moteurs de recherche de bases de données traditionnels.

Remarque : Pour l’analyse à haute résolution des peptides réticulés, la colonne LC recommandée pour la source Nanospray Flex est la colonne LC Acclaim PepMap 100 C18 (n° de réf. 164940 ou 164568). Pour une source EASY-Spray, la colonne LC recommandée est la colonne LC EASY-Spray-C18 (n° de référence. ES900 ou ES904).