Une vaste gamme de bouchons peut être utilisée avec les flacons, chacun se caractérisant par une application et un ajustement propres. La plupart des bouchons de flacon communs comprennent des bouchons à vis et des bouchons à clipser. Les bouchons pour flacons sont généralement fabriqués à partir de plastiques autoclavables comme le polyéthylène ou le polypropylène. Un large éventail de types de bouchons pour flacons sont disponibles pour traiter une gamme étendue d’applications de laboratoire et de variétés de flacons, y compris des bouchons stériles ou non stériles, jetables ou réutilisables, ventilés ou non ventilés. Les bouchons de flacon ventilés comprennent généralement une membrane filtrante de 0,2 µm pour empêcher toute contamination du contenu du flacon. Pour les applications nécessitant une fermeture étanche, des bouchons à vis avec prises étanches sont disponibles.