Marqueurs de poids moléculaire des protéines

Un marqueur de poids moléculaire des protéines, également connu sous le nom d'échelle de protéines ou standard de protéines, est un mélange de protéines avec des poids moléculaires connus utilisés comme points de référence en électrophorèse sur gel. Ces marqueurs sont essentiels pour estimer les poids moléculaires des protéines dans un échantillon en comparant leurs distances de migration pendant l'électrophorèse. Les caractéristiques clés des marqueurs de poids moléculaire des protéines sont :

• Poids moléculaires connus : Le marqueur contient des protéines avec des poids moléculaires précisément déterminés, souvent allant de quelques kilodaltons (kDa) à plusieurs centaines de kDa.
• Pré-teints ou non teints : Les marqueurs pré-teints sont préalablement marqués avec des colorants, permettant une visualisation facile pendant et après l'électrophorèse. Ils sont utiles pour surveiller le progrès de la course et pour une estimation immédiate des tailles de protéines. Les marqueurs non teints ne sont pas colorés et nécessitent généralement une coloration après l'électrophorèse (par exemple, avec le bleu de Coomassie ou la coloration argentique) pour être visualisés.
• Gamme large ou spécifique : Les marqueurs à gamme large couvrent une large gamme de poids moléculaires, les rendant polyvalents pour diverses applications. Les marqueurs à gamme spécifique sont conçus pour couvrir une gamme plus étroite de poids moléculaires, offrant une résolution plus élevée dans des plages de tailles spécifiques.

Applications

• SDS-PAGE (électrophorèse sur gel de polyacrylamide en présence de dodécyl sulfate de sodium) : Les marqueurs de poids moléculaire des protéines sont couramment utilisés en SDS-PAGE pour estimer les poids moléculaires des protéines dénaturées. Le SDS donne aux protéines une charge négative uniforme, leur permettant d'être séparées en fonction de leur taille.
• Western Blotting : Après le transfert des protéines d'un gel SDS-PAGE sur une membrane, les marqueurs de poids moléculaire aident à identifier les positions des protéines cibles pendant l'immunodétection.
• PAGE native : En PAGE native, où les protéines ne sont pas dénaturées, les marqueurs de poids moléculaire aident à estimer les tailles des protéines dans leurs états natifs et fonctionnels.

Comment utiliser les marqueurs de poids moléculaire des protéines

• Mélangez le marqueur de protéines avec un tampon de chargement approprié, si nécessaire. Chargez le marqueur dans un ou plusieurs puits du gel aux côtés de vos échantillons de protéines.
• Électrophorèse : Faites fonctionner le gel dans les conditions appropriées (par exemple, tension, temps). Après l'électrophorèse, visualisez les protéines en utilisant des méthodes de coloration ou de détection appropriées. Comparez les distances de migration des protéines dans vos échantillons aux bandes du marqueur pour estimer leurs poids moléculaires.

Lors de la sélection de marqueurs de poids moléculaire des protéines, il est important de prendre en compte plusieurs facteurs pour s'assurer qu'ils répondent aux besoins spécifiques de votre expérience et fournissent des résultats fiables. Voici cinq considérations clés :

1. Gamme de poids moléculaire

   • Assurez-vous que le marqueur couvre la gamme de poids moléculaire pertinente pour vos protéines d'intérêt. Si vos protéines sont petites, un marqueur avec une gamme inférieure est nécessaire, tandis que pour les protéines plus grandes, un marqueur avec une gamme supérieure est requis.
   • Considérez la résolution au sein de la gamme de poids moléculaire. Certains marqueurs fournissent des bandes étroitement espacées pour une meilleure résolution des protéines dans une gamme spécifique.

2. Type de visualisation

   • Les marqueurs pré-teints sont préalablement marqués avec des colorants, permettant une visualisation immédiate pendant et après l'électrophorèse. Ils sont utiles pour suivre le progrès de la course et pour une estimation rapide de la taille.
   • Les marqueurs non teints nécessitent une coloration post-électrophorèse (par exemple, bleu de Coomassie ou coloration argentique) pour être visualisés. Ils sont souvent utilisés lorsque des quantifications précises ou des protocoles de coloration spécifiques sont nécessaires.
   • Les marqueurs bi-couleur ou multi-couleur contiennent des protéines marquées avec différentes couleurs, fournissant des points de référence plus détaillés et aidant à l'exactitude de l'estimation du poids moléculaire.

3. Compatibilité avec les méthodes de détection

   • Assurez-vous que le marqueur est compatible avec la coloration au bleu de Coomassie si c'est votre méthode choisie.
   • Vérifiez la compatibilité avec la coloration argentique si c'est votre méthode choisie, qui est plus sensible mais peut ne pas fonctionner avec tous les marqueurs.
   • Si vous prévoyez d'utiliser le marqueur pour le Western blotting, assurez-vous qu'il est compatible avec la méthode de détection (par exemple, chimiluminescence, fluorescence) et que les protéines du marqueur peuvent être détectées en même temps que vos protéines cibles.

4. Précision et reproductibilité

   • Choisissez des marqueurs connus pour leur cohérence de lot à lot afin d'assurer des résultats reproductibles entre différentes expériences.
   • Sélectionnez des marqueurs qui produisent des bandes nettes et bien définies pour une estimation précise du poids moléculaire.

5. Facilité d'utilisation et coût

   • Considérez la facilité de préparation et de chargement du marqueur. Les marqueurs pré-mélangés avec un tampon de chargement peuvent faire gagner du temps et réduire les erreurs de préparation.
   • Équilibrez le coût du marqueur avec votre budget tout en vous assurant qu'il répond aux critères de qualité et de performance nécessaires. Les marqueurs de haute qualité peuvent être plus chers mais peuvent fournir des résultats plus fiables et précis.